その後のＰｕｂＭｅｄ

• PubMed Tutorial

• Quick Tours:
  • Searching for Journals in the NLM Catalog
  • Searching with the MeSH Database
  • Combining MeSH Terms Using the MeSH Database
  • Applying Subheadings and Other Features of the MeSH Database

• PubMed Training Manual

　PubMedのClipboardにデータが加えられると、それを示すためのアスタリスクが表示されるようになった（図1）。
　　
　Clipboardに検索結果のデータを追加するには、Send toメニューからClipboardを選択する。　Clipboardタブに矢印を合わせると、（mouseoverが）Clipboardに一時保存されているデータの件数を表示する（図2）。
　　

　Entrez MeSHデータベースのLinksメニューに新しいオプションとして、見出し語が文献の主要なテーマのPubMedデータを検索するための選択が可能になった（図1）。

　　（図１）

　単にMeSH用語を主要テーマとして検索したい場合は、これまでのように、Send to Searchメニューでボックスを開いて、検索式を編集する必要はなくなった。

　PubMedは、Automatic Term Mapping（ATM）として知られている機能によって検索を最適化している。　ATMは、検索語を以下の用語リストと比較している：MeSH（Unified Medical Language System（UMLS）マッピングを含む）、雑誌タイトル、著者名。

　クエリーボックスに入力された検索式がMeSH変換表で見つけられないタグなしの用語を含む場合、マッピング処理は次のテーブル（Journals変換表）を参照する。　検索用語がJournals変換表で完全な雑誌名や略誌名またはISSN番号に一致したら、その雑誌がPubMedで検索される。　この雑誌名の確認はほとんどの雑誌に対してよく機能する（例えば、Annals of Internal MedicineやThe American Journal of Cardiology）。　しかし、主題検索には時々、正式な雑誌名に偶然一致する用語が含まれている。　例えば、brain developmentでの検索は、"Brain Dev"[Journal]に変換される。

　主題検索の雑誌検索へのマッピングを防ぐためには、混乱の起こりうる用語に対する例外テーブル（exceptions table）が使われる。　このテーブル上の用語は、雑誌ではなく主題として検索される。

　現在、この例外テーブルには次の3つの用語がある：heart failure、pediatric surgery、treatment review。　これらの用語は、例外テーブルがなければ雑誌にマッピングされたが（すなわち、Heart Failure誌、 Pediatric Surgery誌、 Treatment Review誌）、それぞれ以下のようにマッピングされる。

　heart failure での検索：
　　("heart"[MeSH Terms] OR heart[Text Word]) AND failure[All Fields]

　pediatric surgery での検索：
　　(("surgery"[MeSH Subheading] OR "surgery"[MeSH Terms]) OR surgery[Text Word]) AND pediatric[All Fields]

　treatment review での検索：
　　("therapy"[Subheading] OR ("therapeutics"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "therapeutics"[MeSH Terms] OR treatment[Text Word]) AND ("review"[Publication Type] OR "review"[Text Word])

　他の主題がデフォルトで雑誌として検索されないように、例外テーブルは拡張されている。　追加される用語例は、以下のようなものである：abdominal surgery、brain development、early pregnancy、pain medicine、virus genes。

　自分の検索がPubMedによってどのように変換されたかを調べるためにはDetailsで確認できる。　雑誌検索を確実に実行するには、Journals Database、Citation Matcher、brain devのように略誌名を使用するか、brain development [ta]のように雑誌の正式名とタグ（[ta]）で検索する。

Monnin E, Indermuhle A, Dallenbach A, Fluckiger J, Stauffer B, Stocker TF, Raynaud D, Barnola JM.

Atmospheric CO2 concentrations over the last glacial termination.
Science. 2001 Jan 5;291(5501):112-4.

PMID: 11141559 [PubMed]

Kajita J, Fuse E, Kuwabara T, Kobayashi H.

The contribution of cytochrome P450 to the metabolism of tegafur in human liver.

Drug Metab Pharmacokinet. 2003;18;(5):303-9.

PMID: 15618749 [PubMed]

Lauffart B, Vaughan MM, Eddy R, Chervinsky D, DiCioccio RA, Black JD, Still IH.

Aberrations of TACC1 and TACC3 are associated with ovarian cancer.

BMC Womens Health. 2005 May 26;5(1):8.

PMID: 15918899 [PubMed]

　2005年7月始め頃に、NLMでは、元データで情報が確認できたものはClinicalTrials.govの識別番号をMEDLINEデータに含めることにした。　そのような背景については、International Committee of Medical Journal Editors (ICMJE)のWEBサイトで、結果の公表前の臨床試験登録のトピックスに関するエディトリアルと最新情報を参照のこと。　ICMJEでは、臨床試験登録番号を文献の抄録の最後に含めるように勧告している。

　このデータはPubMedでも表示され、Citation形式ではSecondary Source IDリストで、MEDLINE形式ではSIフィールドで、XML形式ではDataBankListで見られる。　データの一般的な表示形式は、ClinicalTrials.govのラベルとスラッシュ、そして、NCTと８桁の数字からなる11桁の英数字列である。　Citation形式での表示例は以下のようなものである：

　　　Secondary Source ID: ClinicalTrials.gov/NCT00000161

　１件の雑誌文献で複数のClinicalTrials.gov番号が記載されている場合、それらすべてがMEDLINEデータに記録される。　PubMedでは、[si]タグで検索可能であり、以下のように、全部または一部分で検索可能である：

　　　nct00000161 [si]
　　　clinicaltrials.gov [si]
　　　clinicaltrials.gov/nct00000161 [si]

　特定の試験に限定せずにClinicalTrials.govに登録された臨床試験データを記載したすべての文献を検索するには、"clinicaltrials.gov [si]"で検索すればよい。

　PubMedは、RSS 2.0 (Really Simple Syndication)フィードの提供を始めた。　RSSは、ウェブサイトで提供されるニュースなどの頻繁に更新されるコンテンツの配信のためのウェブの標準である。　RSSを読むには、自分のコンピュータでこのサービスを利用して、PubMedから新しい項目を取り出すことが必要である。　RSSリーダーは沢山の種類があり、そのほとんどはウェブから無料でダウンロードできる。　異なるRSSリーダーでは、動作やデータ表示が異なる。　以下は、RSSフィードのセットアップの例である。　なお、全てのリーダーが、同じ方法で動作するわけではない。

　ユーザはRSSフィードの複数のPubMed検索をセットアップできる。　PubMed RSSフィードには、ユーザが最後に自分のRSSリーダーに接続した時点から、PubMed検索によって取り出されたデータが含まれる。　PubMed検索をRSSフィードのコレクションに加えるには、PubMedで検索を行い、Send toのプルダウン・メニューからRSS Feedを選ぶ（図1）。

　　

　すると、フィードの名前を付けたり、各フィードによって表示される項目数を制限できるRSS Options Page画面になる（図2）。
もし、検索された文献数が「制限した」数より大きい場合は、全ての検索結果を見るためのPubMedへリンクするオプションが表示される。

　　

　Create Feed ボタンをクリックすると、XMLアイコンが作成される（図3）。

　　

　XML画面を表示するためにはXMLアイコンをクリックする。　コードを必要なく、アドレス・ラインからURLだけが必要（図4）。　これをコピーして、自分のRSSリーダーから"subscribe"フォームに貼り付ける。　なお、ウェブ・ブラウザとRSSリーダーは、フィードをコピーするために異なるオプションを使用するかもしれない。

　　

　一度PubMed RSSフィードに署名すれば、RSSリーダーで毎日メッセージを受け取ることができる（図5）。

　　

　RSS更新戦略

　PubMed RSSフィードは、保存された検索を更新するためにMy NCBIによって使用されるのと同じ「What's New」戦略を使用する。　タグ付けされない用語による検索は、以下の質問を使用する：

　　Query AND T1 : T2 [MHDA] NOT Query [TIAB] AND 0001 : T1 [EDAT]

　　Query = 保存された検索式
　　T1 = 最後に更新された日時
　　T2 = 今日の日時
　　0001 = すべての文献が含まれる日
　　[MHDA] = MeSHが文献に付与された日付のタグ。（MeSH付与以前はEDATと同じ）
　　[EDAT] = PubMedに文献が収録された日付のタグ。
　　[TIAB] = タイトルと抄録中の用語を検索するためのタグ。

　検索フィールドのタグやLimitsを含むRSSフィードの検索は、全ての文献が検索される「What's New」検索を使用する。　この検索過程は、若干の文献の重複をもたらす。

　これらの検索タグやその別名である、AU, PS, IP, TA, LA, PG, TI, TIAB, VI、を含む検索は以下のようになる。：Query AND T1 : T2 [EDAT]
　検索フィールド・タグ（他のタグに加わる）である、AD、FILTER、SB、RN、MAJR、MESH、PT、SI、SH、NM、TWを含む検索は次のような戦略を使用する。Query AND T1 : T2 [MHDA]

　RSSか自動電子メール更新か？

　毎日の更新は、My NCBIによって提供される既存のサービスか新しいRSSフィード機能を利用して得られる。　My NCBIによって提供される更新は、比較的頻度の少ない更新に向いている。

　RSSリーダーのテクニカル・サポート

　NLMは、RSSリーダーのサポートを行ったり、特殊なリーダーでこのサービスをテストすることはしない。　テクニカル・サポートが必要なユーザやこの技術の使用に興味があるユーザは、身近なコンピュータ・サポート・スタッフの援助を得るべきである。

　MEDLINEやLocatorPlusへの宇宙医学データ更新の中断が終わった。　2004年3月12日の午後5時00分から始まった中断は、2005年2月の新たなＮＡＳＡとの契約によって終了した。

　宇宙医学関係の新しいデータは、2005年3月末からLocatorPlus（NLM Catalogも含む）とMEDLINE/PubMedへの追加が始まった。

詳しくはTechnical Bulletinを参照のこと。(Space Life Sciences Data Hiatus. NLM Tech Bull. 2004 May-Jun; (338): e1..)

　YahooやMSNやGoogleのような商用のサーチエンジンで、それらの検索結果からPubMedへリンクで移動できるようになった（図１）。

　
　　　図１　Googleの検索結果からPubMedのデータへのリンク表示画面

　サーチエンジンからPubMedにリンクで移動すると、検索していたキーワードがPubMedのクエリーボックスに入った状態で、通常のPubMedの検索結果の表示画面になる（図２）。

　
　　図２　商用サーチエンジンの検索結果からPubMedデータを表示させた画面


　　（注）日本版(co.jpドメイン)ではこのようにはならないこともあるようです。

　去る８月１１日に、PubMedに１５００万件目のデータが収録された。追加されたデータは以下のものであった。

　Zheng Y, Zhou ZM, Yin LL, Li JM, Sha JH.
　Molecular cloning and characterization of a novel splicing variant of PIASx.
　Acta Pharmacol Sin. 2004 Aug;25(8):1058-64.
　PMID: 15301740 [PubMed - in process]

　Preview/Index機能で、Indexのスクロールボックスで表示される項目の数が、これまでの40から200まで増やされた。
　検索フィールドの用語のリストから選択するにはIndexを使用する。
　まず、All Fieldsとなっているプルダウン・メニューから検索フィールドを選択し、次に、画面下方のボックス内に用語を入れ、最後に、Indexボタンをクリックする。
　すると、PubMedは、選択された検索フィールドの索引から用語のアルファベット順リストを表示する。
　また、それぞれの用語を含むPubMed内の文献件数が各用語の右にカッコ付きで表示される。
　UpやDownボタンをクリックすることで、索引を上下にスクロールすることができる。

　MeSHデータベースで決定した用語をPubMedのClinical Queriesのページに移すことができるようになった。　これは、MeSHデータベースの検索結果の画面で、右端に表示されるLinksプルダウン・メニューを使用して利用できる。　Linksメニューは、すでにPubMedやNLM MeSH BrowserでMeSH用語の検索を実行する方法が提供されている。　新しいClinical Queriesへのリンクにより、MeSHデータベースを使ってMeSH用語、サブヘディング、資料種類(Publication Type)を見つけ、Clinical Queries画面のクエリー・ボックスにMeSH用語を移動して検索することが簡単になる。

　例：心臓肥大の検索のためにMeSHデータベースをを使用する。

　結果表示画面で、CardiomegalyのLinksメニューからClinical Queries（図1）を選択する。

　（図１）

　Clinical Queries画面のクエリー・ボックスにこのMeSH用語が入れられる（図2）。　必要に応じて、追加の用語をブール演算子（AND、OR、NOT）を使ってクエリー・ボックスに、直接入力することもできる。

　（図２）

　注）サブヘディングやMajor Topic、Do Not Explodeなどの使用は、MeSHデータベースのLinksメニュー・オプションを使用ってMeSH用語に直接に適用することはできない。　MeSHデータベースやClinical Queriesの使用に関する詳細は、PubMedのヘルプを参照。

　PubMedのClinical Queries機能が修正された：

　Emphasisの設定部分の変更

　新しいEmphasisラベルは実行したい検索タイプを選びやすくするだろう。

　検索フィルターの更新

　Categories（therapy, diagnosis, etiology, prognosis）とEmphasis（sensitive search, specific search）の様々な組み合わせによる検索方法が更新された。　この検索方法は、マクマスター大学（カナダ、オンタリオ州、ハミルトン）の臨床疫学・生物統計学部のブライアン・ヘインズ博士らによる研究に基づている。　ヘインズのグループは、最近これらの検索方法を検査の上、更新した。

　年末のメンテナンス作業が完了し、PubMedのデータは2004年版MeSH用語を使って検索できるようになった。
　詳しくは、「MEDLINE Data Changes - 2004. NLM Tech Bull. 2003 Nov-Dec; (335): e6. for details on data changes.」を参照のこと。
　また、12月3日、NLMはMeSH索引済みデータのPubMedへの毎日（毎週火曜日～土曜日）のアップを再開した（11月13日以降の未索引データの遡及索引はまだ）。